在新世紀之始，我們瞭解國際生物醫學研究之競爭，本院必須肩負協助台灣醫學品質、立足亞洲之願景，我們要配合重點大學之規劃，逐步改革研究體系，以順應世界潮流。
本院研究發展體系的改革，雖以本院研究單位為中心，但也必須考慮與大學、財團法人研究單位與產業界的合作。我們的研究焦點將放在臨床與基礎的整合及所謂〈轉譯醫學translational research)，另需就制度與管理的改善與人才的善用做好的規劃，並落實二次共識營所凝聚達成之共識。
1. 本院研究發展體系規劃要符合亞洲級醫院的定位，配合國家經濟發展與競爭力提昇之要求。
2. 研究發展必須解決人類，尤其本土人民所面臨的醫療困境及生物科技進步下所衍生的問題。
3. 研究必須展現獨特性，立基於傳統，集中目標，再強化中國醫藥大學附設醫院的優勢。
4. 研究重視創新與實用兼顧 — 鼓勵研究單位確定其任務與目標。
5. 研究強調速度與國際競爭力 — 縱向的整合，包括基礎、應用/開發研究、專利申請及技術轉移，均要有密切結合與快速的經營管理。
6. 研究強調系列性，要永續經營，在管理、資源分配與共享、成果應用與迴饋均要有活化的制度。
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