| 分科 | 直轄或附屬支援單位 | 協同之整合醫學中心或特色醫療中心 | |
| 外科部 | 一般外科 | ||
| 乳房外科 | 癌症醫學中心 | ||
| 大腸直腸外科 | 腹膜腫瘤溫熱中心 | ||
| 心臟血管外科 | 小兒心臟血管外科 | 心臟血管醫學中心 | |
| 胸腔外科 | 癌症醫學中心 | ||
| 整形外科 | 一般整形外科 | 美容中心 | |
| 顱顏外科 | 國際醫療中心 | ||
| 手外科 | |||
| 燒傷中心 | |||
| 急症外科 | 急症暨外傷中心 | ||
| 毒物科暨毒藥物諮詢檢驗中心 | |||
| 減重外科 |
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